Como resolví el backup del servidor
Como todo operador de servidor novato yo había hecho un script que sincronizaba el servidor con rsync y lo guardaba en una carpeta por día del més.
Esto me permitió por un tiempo largo tener un historial de los ultimos 30 días de ejecución del servidor, lo cual sirve para diagnosticar problemas o restaurar copias si ocurriese algun problema grave.
Sobre todo antes de tener un SSD en el servidor que tenía toda la carpeta del servidor cargada en un ramdisk para incrememntar la perfo ya que minecraft hace demasiados commits a disco.